A microbiologia aplicada é uma disciplina científica que lida com a aplicação de microrganismos e o conhecimento sobre eles. As aplicações incluem biotecnologia, agricultura, medicina, microbiologia alimentar e biorremediação.
A microbiologia aplicada é o estudo do mundo microbiano e a forma como ele interage com o nosso. Analisa como podemos aproveitar e utilizar os poderes dos micróbios em áreas que vão da biotecnologia ao controlo de pragas, às biorrefinarias e às aplicações farmacêuticas.
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