Jornal de Poluição Aquática e Toxicologia adota processo de revisão cega duplo que é monitorado de perto pelos editores. Os editores realizam revisão editorial para avaliar a qualidade e o tipo de submissão antes de enviá-la para o processo de revisão. Manuscritos que não atendam aos padrões científicos não serão considerados para o processo de revisão. Espera-se que os autores prestem atenção às instruções para autores e também indiquem a categoria em que estão publicando, caso não seja um artigo de pesquisa. Os editores também verificarão a legibilidade, o uso gramatical e poderão solicitar uma nova submissão se os artigos se saírem mal nesses parâmetros. A decisão final é tomada pelo editor-chefe, considerando todos os comentários e sugestões dos revisores. Todos os artigos publicados na revista estão sujeitos a um rigoroso processo de revisão por pares.